修改字符串python

Question

我有一个csv文件，结构如下:

num  mut
36    L
45    P
...

，其中num表示突变的位置，mut表示突变。我必须在位置num上修改字母mut，变成字符串。我用python写了下面的代码:

import pandas as pd
import os
df = pd.read_csv(r'file.csv')
df_tmp=df.astype(str)
df_tmp["folder"]=df_tmp["num"]+df_tmp["mut"] #add a third column
f = open("sequence.txt", 'r')
content = f.read()
for i in range(len(df)):
num=df_tmp.num.loc[[i]]-13
num=num.astype(int)
prev=num-1
prev=prev.astype(int)
mut=df_tmp.mut.loc[[i]]
mut=mut.astype(str)
new="".join((content[:prev],mut,content[num:])) #this should modify the file

但是它返回我

TypeError: slice indices must be integers or None or have an __index__ method

怎么解?

编辑:也许这是更清楚我想做什么。我必须在序列中只插入第一个突变，将其保存到一个文件中，将该文件复制到名为第三列的文件夹中(我在代码中添加的)，对第二个突变做同样的事情，然后是第三个，依此类推。但是我每次只能插入一个突变。

Answer 1

多重突变:

IIUC，你最好是熊猫，将你的数据框架转换为字典，迭代和连接:

# input DataFrame
df = pd.DataFrame({'num': [36, 45], 'mut': ['L', 'P']})
# input string
string = '-'*50
# '--------------------------------------------------'
# get the positions to modify
pos = df.set_index('num')['mut'].to_dict()
# {36: 'L', 45: 'P'}
# iterate over the string, replace hte characters if in the dictionary
# NB. define start=1 if you want the first position to be 1
new_string = ''.join([pos.get(i, c) for i,c in enumerate(string, start=0)])
# '------------------------------------L--------P----'

单突变:

string = '-'*50
# '--------------------------------------------------'
for idx, r in df.iterrows():
new_string = string[:r['num']-1]+r['mut']+string[r['num']:]
# or
# new_string = ''.join([string[:r['num']-1], r['mut'], string[r['num']:]])

with open(f'file_{idx}.txt', 'w') as f:
f.write(new_string)

输出:

file_0.txt
-----------------------------------L--------------
file_1.txt
--------------------------------------------P-----

Answer 2

我用一个示例文件。csv和一个空的sequence.txt文件尝试了你的代码，

从for循环 开始的第一行中的

num=df_tmp.num.loc[[i]]-13
#gives an error since the num in that location is str, to correct that:
num=df_tmp.num.loc[[i]].astype(int)-13 
# I used astype to convert it into int first

在此之后，下一个错误在最后一行，切片索引类型错误，这是由于您用于切片的结果prev和numcontent变量不是int，要获得int值，请向其添加[0]以这种方式:

content="".join((content[:prev[0]],mut,content[num[0]:]))

现在不应该有错误了。