如何使用ROBOT从OBO本体检索超类(subClassOf)标识符(不是标签)?

Question

我目前正在运行ROBOT代码片段

robot export --input data/cl.owl 
--header "ID|LABEL|IAO_0000115|hasDbXref|subClassOf" 
--export results/cl.csv

从Cell Ontology中检索条目。目前，它会检索如下内容:

CL:0000036,epithelial fate stem cell,,,single fate stem cell

其中"单一命运干细胞";是家长。是否有任何方法来检索CL标识符而不是标签?

Answer 1

请参阅ROBOT文档中有关渲染单元格值的文档:

http://robot.obolibrary.org/export.html rendering-cell-values

具体来说，您可以将[ID]附加到列描述符上，即SubClass Of [ID]

所以命令看起来像这样:

robot export --input data/cl.owl 
--header "ID|LABEL|IAO_0000115|hasDbXref|subClassOf [ID]" 
--export results/cl.csv

这将给出期望的结果。