未找到奇点容器-B

Question

我更改了我正在运行以下代码：

#!/bin/sh
# 
#SBATCH --job-name psy-bkeeser_fmriprep
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=16
#SBATCH --mem=32GB
#SBATCH --output /projects/core-psy/logs/nako/stephan/slurm-%j.log
#SBATCH --error /projects/core-psy/logs/nako/stephan/slurm-%j.err
singularity run --pwd /tmp3 
--home /projects/core-psy/tmp3:/home/fmriprep 
--cleanenv 
-B /projects/core-psy/data/nako/swunderl/pa/BIDS_DATA/:/input 
-B /projects/core-psy/data/nako/bkeeser/test:/output 
-B /projects/core-psy/data/nako/bkeeser/freesurfer:/freesurfer 
-B /projects/core-psy/tmp:/opt/templateflow 
/projects/core-psy/images/nipreps-fmriprep-21.0.1.simg /input /output participant 
--fs-license-file /freesurfer/license.txt 
--skip-bids-validation 
--fs-no-reconall 

这给了我一个错误：

Traceback (most recent call last):
File "/opt/conda/lib/python3.8/pathlib.py", line 1288, in mkdir
self._accessor.mkdir(self, mode)
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/tmp/work/20220312-010716_89e666a8-3458-4f82-9ff2-b13ef397a3b4/bids_db'
During handling of the above exception, another exception occurred:
Traceback (most recent call last):
File "/opt/conda/bin/fmriprep", line 8, in <module>
sys.exit(main())
File "/opt/conda/lib/python3.8/site-packages/fmriprep/cli/run.py", line 38,

大体上parse_args((文件"/opt/conda/lib/python3.8/site packages/fmriprep/cli/parser.py"；，线679，以parse_args为单位config.from_dict(vars(opts((文件"/opt/conda/lib/python3.8/site packages/fmriprep/config.py"；，线666，在from_dict中execution.load(设置(文件"/opt/conda/lib/python3.8/site packages/fmriprep/config.py"；，线238，负载中cls.init((文件"/opt/conda/lib/python3.8/site packages/fmriprep/config.py"；，线465，在init_db_path.mkdir(exist_ok=True，parents=True(文件"/opt/conda/lib/python3.8/pathlib.py"；，第1292行，在mkdir中self.parent.mkdir(parents=True，exist_ok=True(文件"/opt/conda/lib/python3.8/pathlib.py"；，第1288行，在mkdir中自我_accessor.mkdir(self，mode(权限错误：[Erno 13]权限被拒绝："/tmp/work/20220312-01071_89e666a8-3458-4f82-9ff2-b13ef397a3b4">

tmp文件夹似乎有什么问题？

Answer 1

在多行拆分命令时，不能使用这样的注释。shell将-B解释为另一个命令，而不是singularity的参数。

一种解决方案是删除其他注释行。可以将它们放在命令的上方或下方，但不能放在命令内部。

Answer 2

--pwd/tmp3参数指向的目录在运行命令的上下文中似乎不存在。如果删除此项，则可能会成功绑定其他目录。

如果这不能解决错误，您可能需要尝试从--home切换到将可写文件夹装载到/opt/templateflow，并在运行命令中设置templateflow_home变量，如下所示：https://www.nipreps.org/apps/singularity/#templateflow-和奇异