git和GitHub Desktop似乎都无法识别我在试图添加到repo的任何文件夹的子文件夹中所做的更改。我只是想创建一个新的GitHub Pages网站：所以它可以很好地识别父文件夹中的文件(文件夹名：username.githhub.io(，但当我将主题克隆到username.GitHub.io/themes/themename目录中时，它在那里什么都找不到。
奇怪的是，我还试图提交一组带有文件的文件夹，结果就是这样：
父文件夹(存储库(
- 子文件夹A:files
- 子文件夹B:文件+另一个子文件夹
它识别出了子文件夹A中的所有文件，但没有识别出子文件夹B中的任何文件，只是它在那里——但它只识别出它是"；空的">
我已经尝试过几次删除和重新制作存储库。两个文件夹中都没有.gitignore。
以下是我在尝试提交正在识别的文件时收到的错误消息。它还说所有这些文件都是空的，事实并非如此。
On branch master
Initial commit
Untracked files:
(use "git add <file>..." to include in what will be committed)
./
nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)
在我的案例中，我意外地在子文件夹中有一个存储库(由于创建react应用程序(：
(这也使得Github Desktop显示子文件夹，其中存储库显示为文件(
/repository-folder/.git
/repository-folder/.gitattributes
/repository-folder/{everything else}
/repository-folder/subfolder/.git
/repository-folder/subfolder/.gitattributes
/repository-folder/subfolder/{everything else}
解决方案：我刚刚删除了git文件，一切如预期：
/repository-folder/.git
/repository-folder/.gitattributes
/repository-folder/{everything else}
/repository-folder/subfolder/{everything else}
假设这是您刚刚初始化的新repo，您可能需要首先添加新文件夹/文件：
在根目录中：
git add .
或者你也可以尝试添加特定的文件夹：
git add A
根据st_phan的回答，在Windows中，.git文件夹隐藏在子文件夹中。首先，在Windows中启用隐藏文件的显示，然后从子文件夹中删除.git文件夹。