我不得不手动更改随我输入的基因型数据(存储在.bgen中)而来的bgen .sample文件，因为它缺少性别信息(所有NAs)，然后我分别用男性和女性的15和2s填充。plink不会让我运行我的数据原样附带的原始.sample文件，因为在性别列中有NAs，我得到Error: Invalid sex code on line 3 of .sample file.。
但是，我遇到了问题。
我保存了我的"new".sample文件首先作为.txt文件在R中使用:
write.table(samples, file = "samples_bgen.txt", sep = " ", row.names = FALSE, quote=FALSE, col.names = TRUE)
这个.txt输出有26,623行。列名是第一个标题(ID_1,ID_2,missing,sex)，第一行是应该是第二个标题行(0, 0, 0, D)。然后我手动将其从.txt更改为.sample(因为我不确定还能做什么。)
当我运行plink:
plink --bgen data.bgen --sample samples_bgen.sample --make-bed --out data_output
我得到"Error: --bgen and --sample files contain different numbers of samples.">
我有26,622个样本在我的主文件data.bgen。示例文件中有一个额外的行，因为第一行需要作为第二个标题行。如果我手动删除第二行(000D)，那么我得到错误消息Error: Invalid second header line in .sample file.
我在.sample中也遇到了一些问题(似乎plink2无法识别.sample文件中father/mother列中的id)，所以我决定删除.sample中的两列。我做了与您类似的事情，但在最后一步中，我使用Mac命令行cp xxx.txt yyy.sample将修改后的.txt转换为.sample。修改后的.sample工作时没有任何错误/警告。但是我不确定这样修改.sample是否可以。