Snakemake使用检查点结束工作流

Question

这个问题与我之前发布的Snakemake在执行过程中退出规则有关。基本上，对于我的工作流来说，可能会在其中一个规则中生成一个空文件，我想退出工作流并返回一条有用的消息。有人建议使用检查点功能，下面是我的：

def readFile(file):
with open(file) as f:
line = f.readline()
return(line.strip())
def isFileEmpty():
with checkpoints.step1.output[0].open() as f:
line = f.readline()
if line.strip() != '':
return "output/final.txt"
else:
return "out.txt"
rule all:
input: isFileEmpty()
checkpoint step1:
input: "input.txt"
output: "out.txt"
run:
if readFile(input[0]) == 'a':
shell("echo 'a' > out.txt")
else:
shell("echo '' > out.txt")
print("Out.txt is empty")
rule step2:
input: "out.txt"
output: "output/out2.txt"
run:
shell("echo 'out2' > output/out2.txt")

rule step3:
input: "output/out2.txt"
output: "output/final.txt"
run: shell("echo 'final' > output/final.txt")

在检查点步骤1中，我正在读取input.txt的文件内容，如果不包含字母"a"，则会生成一个空的out.txt。如果out.txt不为空，则执行第2步和第3步，最后给出out/out2.txt和out/final.txt。如果它为空，则工作流应在检查点步骤1结束，只生成out.txt。现在，当我运行工作流时，会出现以下错误：

AttributeError in line 7 of Snakefile:
'Checkpoints' object has no attribute 'step1'

我的checkpoints.step1.output[0].open((语法错误吗？在checkpoint文档中，它被写为checkpoints.somestep.get(sample=通配符.sample(.output[0]，但我的snakemake输出中没有任何通配符。任何建议都很好。

谢谢！

Answer 1

我终于开始工作了，只对语法进行了一些小的修改：

def readFile(file):
with open(file) as f:
line = f.readline()
return(line.strip())
def isFileEmpty(wildcards):
with checkpoints.step1.get(**wildcards).output[0].open() as f:
line = f.readline()
if line.strip() != '':
return "output/final.txt"
else:
return "out.txt"
rule all:
input: isFileEmpty
checkpoint step1:
input: "input.txt"
output: "out.txt"
run:
if readFile(input[0]) == 'a':
shell("echo 'a' > out.txt")
else:
shell("echo '' > out.txt")
print("Out.txt is empty")
rule step2:
input: "out.txt"
output: "output/out2.txt"
run:
shell("echo 'out2' > output/out2.txt")

rule step3:
input: "output/out2.txt"
output: "output/final.txt"
run: shell("echo 'final' > output/final.txt")