geopandas的Pygeos选项会减慢read_file进程

Question

我有一个95000项的shapefile，我使用read_file导入带有GeoPandas的文件。该项目是几何结构相当简单的多边形，最大的多边形有316个点。

问题

虽然使用选项options.use_pygeos = True进行一些速度测试实际上会减慢读取文件的进程。

我使用的是GeoPandas版本0.10.2和pygeos版本0.12.0。我读到有人在从0.8.2版本升级到0.9版本时遇到了同样的问题

实际减速：

time with pygeos 10.6 s
time without pygeos 5.3 s

问题

有人再现这种行为吗？，我们怎样才能避免这种情况？

编辑

这是代码的摘录。我在pyqt5 GUI中使用它。

我最后用了pyogrio和pygeos。这几乎就像一个GeoDataFrame，所以它是非常方便的

数据：https://drive.google.com/file/d/1abzDcvD3cATuKOOUoBA89p5rwvrgpFci/view?usp=sharing

另一个结果

geopandas + pygeos
geopandas:  9.635942159632514
pygeos: geometry to numpy array:  1.8224096298217773
geopandas - pygeos
geopandas:  6.420444488525391
pygeos: geometry to numpy array:  0.251056432723999
pyogrio + pygeos
pyogrio:  1.9999799728393555
pygeos: geometry to numpy array:  0.06801533699035645

代码

import time
import geopandas as gp
gp.options.use_pygeos = True
import pygeos
import pyogrio

shp = r'00_PREDIO_GENERAL.shp'
t0 = time.time()
gdf = gp.read_file(shp)
print('geopandas: ', time.time() - t0)
t0 = time.time()
p_array, idx_coords = pygeos.get_coordinates(pygeos.from_shapely(gdf.geometry), return_index=True)
print('pygeos: geometry to numpy array: ', time.time() - t0)

t0 = time.time()
gdf = pyogrio.read_dataframe(shp)
print('pyogrio: ', time.time() - t0)
t0 = time.time()
gp.options.use_pygeos = False
p_array, idx_coords = pygeos.get_coordinates(gdf.geometry, return_index=True)
print('pygeos: geometry to numpy array: ', time.time() - t0)

Answer 1

你能在读取shapefile之前尝试一下这段代码吗？到目前为止，我也遇到了同样的错误：

import shapely
shapely.speedups.disable()