r-使用lapply迭代更改对象列表中向量属性的值

Question

我有一个dgCMatrix对象列表，我想在每个对象中编辑一个特定的向量，使其具有迭代后缀，每个对象都有一个新后缀。我的对象如下所示：dgCMatrix列表中的对象

我想添加后缀的矢量是第二个dim名称矢量，即单元格条形码。

我一直在尝试这样做：

#give the cell names a unique suffix for each matrix
counter <- 0
my_sparse_matrices <- lapply(my_sparse_matrices, function(matrix) {

counter <<- counter + 1

colnames(matrix$`Gene Expression`) <- paste0(colnames(matrix$`Gene Expression`),"_",counter)
})

但是，当我真的想更改已经存在的my_sparse_matrices对象中的每个向量时，这似乎会将更改后的向量保存到my_sparse _matrices。

我这样做是因为我试图将所有这些单细胞表达式矩阵聚合到一个rLiger对象中，该对象需要一个稀疏矩阵列表。然而，矩阵之间的单元格不能具有相同的名称，因此需要为每个单元格提供唯一的后缀。有人能帮我做些什么吗？我对使用lapply还比较陌生。

Answer 1

这里并不需要循环或矢量化。如果您要检查列表的属性：

attributes(my_sparse_matrices)

您将看到这些矩阵的所有名称的列表。

更改名称：

attributes(my_sparse_matrices) <- list(
names = paste0("Gene Expression_", 
1:length(my_sparse_matrices)))

由于你的问题无法重现，我制作了一些数据来验证这一点。

library(Matrix)
(m <- Matrix(c(0,0,2:0), 3,5))
# 3 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#               
# [1,] . 1 . . 2
# [2,] . . 2 . 1
# [3,] 2 . 1 . . 
(m2 <- list("Gene Expression" = m, 
"Gene Expression" = m))
# $`Gene Expression`
# 3 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#               
# [1,] . 1 . . 2
# [2,] . . 2 . 1
# [3,] 2 . 1 . .
# 
# $`Gene Expression`
# 3 x 5 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
#               
# [1,] . 1 . . 2
# [2,] . . 2 . 1
# [3,] 2 . 1 . .
attributes(m2)
# $names
# [1] "Gene Expression" "Gene Expression"
attributes(m2)[1] <- list(names = paste0("Gene Expression_",
1:length(m2)))
# $names
# [1] "Gene Expression_1" "Gene Expression_2"

看起来你对SO还相当陌生；欢迎加入社区！如果你想快速得到好的答案，最好能让你的问题重现。这包括示例数据，如dput(head(dataObject)))和您正在使用的任何库的输出。看看：制作R可重复的问题。