r语言 - 刀具subset_taxa的错误代码;dimnames(x) 中的错误 <- dn ：'dimnames' [1] 的长度不等于数组范围

Question

我使用库phyloseq将.biom数据加载到R中。

Data2020 <- import_biom("XXX")
mapfile2020 <- import_qiime_sample_data("XXX")
tree <- read_tree("XXX")
mydata <- merge_phyloseq(Data2020, mapfile2020, tree)
colnames(tax_table(mydata)) <- c("Kingdom", "Phylum", "Class", "Order", "Family", "Genus", "Species") 
ps <- mydata 
ps1 <- subset_taxa(ps, Phylum != "NA")

我想要的数据的子集。

WRB_data <- subset_samples(ps1, Site=="WRB")

Then Try to Subset by a taxa.

WRB_data2 <- subset_taxa(WRB_data, Phylum=="Acidobacteria")

总是导致这个错误。请帮助! ?

Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [1] not equal to array extent

Answer 1

在没有数据的情况下很难验证，但看起来WRB_data中没有酸杆菌门的分类群。

Answer 2

我遇到了一个类似的问题，并通过确保该部分被正确标记

来克服它。

(Phylum=="Acidobacteria")