r-phyloseq:使用tax_glom前后otu计数的差异



也许我错过了tax_glom的工作原理,但由于我在这里或网上其他地方都找不到任何信息,也许这里有人可以提供帮助。我不提供数据,但我可以根据要求提供。这是强调问题的代码,我有

colSums(CYANO%>%otu_table())
CYANO_gen <- CYANO %>%
tax_glom(taxrank = "Genus")
colSums(CYANO_gen%>%otu_table())

CYANO是一个类目物体,我想在属级聚集,但我注意到数据中没有一个样本(命名为100(。这让我检查了问题发生的地方。54个样本中有7个样本存在差异,如所附图像的最后一行所示,这很奇怪,不是吗?

以上代码和2行额外代码给出的结果强调了差异的重要性,以及并非总是如此

谢谢Guillaume

默认情况下,tax_glom函数中的NArm项设置为TRUE。为了避免丢失NA细胞的观测结果,您需要设置NArm = FALSE。干杯

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