用Cutadapt进行fastq修剪后出现Phred qual错误

Question

在用bowtie2映射到基因组之前，我想将fastq文件中所有读取的开头修剪给定的长度。我使用过Cutadapt：

cutadapt -u 48 -o output.fastq.gz input.fastq.gz

修剪后的fastq文件如下所示：

gunzip -c output.fastq.gz | head
@NB502143:99:HFF7TAFX2:1:11101:4133:1019 1:N:0:ATCACG
CATGAAAAAGAGCTCATTTTCAGATGCAGGAATTCCTATCCG
+
EEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEEE
@NB502143:99:HFF7TAFX2:1:11101:19790:1020 1:N:0:ATCACG
CATGATCCACTTTTCCACGCGCTTTGACGACCATTTTATAA
+
EEEEE<EEEEEEEEEEEEEEEEE<EE/EEAEEEEEEEEEEE
@NB502143:99:HFF7TAFX2:1:11101:6327:1020 1:N:0:ATCACG
CATGATCTCAGTAAAGGCATTTGTGGTTGTTAAGTAGCCATT

当我试图用bowtie2绘制它时，我得到了以下错误消息：

Saw ASCII character 10 but expected 33-based Phred qual.

如果我映射input.fastq.gz，我不会得到这个错误，所以我怀疑在修剪过程中发生了什么错误，但我不知道是什么！我用FastQC检查了这两个文件，它们都是Sanger/Ilumina 1.9编码的。

谢谢你的帮助。

Answer 1

我也遇到过类似的问题。当我使用cutadapt时会发生错误，但当我使用另一个工具fastp修剪时不会发生错误。

检查得到的修剪后的fastq文件的完整性表明，一些读取没有基础。fastq_utils包中的fastq_info这样的工具可以工作。

如果出现问题，您可能需要在运行cutadapt时使用-m <minimum-length>标志。这将删除指定长度以下的读数。如果这是问题所在，那么之后的调整应该有效。