r语言 - 如何在"vegan"中更改线曲线标签



我想更改两条稀疏曲线的标签,如果可能的话,还想更改每条线的颜色。

rare_nano_sgl <- rarecurve(t(otu_table(physeqnanosingle)), xlab="sample size", ylab="number of species")
rare_nano_sgl + geom_text(title("Rarefaction Curve"))

在此处输入图像描述

这些能用吗?

label: Label rarefaction curves by rownames of ‘x’ (logical).
col, lty: plotting colour and line type, see ‘par’. Can be a vector of
length ‘nrow(x)’, one per sample, and will be extended to
such a length internally.

这是文档的摘录(?rareccurve(。这意味着col(颜色(和lty(线型(可以是为每行提供这些参数的向量。函数希望使用行名作为标签,如果您不想编辑这些行名,您需要一点粗略:用label=FALSE绘制图形,然后用函数ordilabel在坐标cbind(rowSums(x), specnumber(x))处添加标签(这些坐标可以通过查看rarecurve代码找到(。这将为BCI数据绘制曲线,并根据栖息地类型选择颜色和标签:

rarecurve(BCI, col=BCI.env$Habitat, label=FALSE)
ordilabel(cbind(rowSums(BCI), specnumber(BCI)), labels=BCI.env$Habitat)
legend("topleft", levels(BCI.env$Habitat), col=1:5, lty=1)

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