r-使用capture.output捕获警告

Question

我在使用capture.output()时遇到问题，我不知道为什么，因为它在很大程度上只是sink()的包装器。

考虑这个使用sink():的琐碎示例

foo = function() warning("foo")
f = file()
sink(f, type = "message")
foo()
readLines(f)
## [1] "Warning message:" "In foo() : foo"  
close(f)

这是意料之中的事。然而，capture.output()不：

f = file()
capture.output(foo(), file = f, type = "message")
## Warning message:
## In foo() : foo
readLines(f)
## character(0)
close(f)

capture.output()虽然对消息有效：

bar = function() message("bar")
f = file()
capture.output(bar(), file = f, type = "message")
readLines(f)
## [1] "bar"
close(f)

但根据文件，消息和警告都应该被捕获：

发送到stderr()的消息(包括来自message、warning和stop的消息(由type = "message"捕获。

这里缺少什么

Answer 1

@MrFlick的注释指向一个潜在的解决方案，前提是您可以控制传递给warning()的参数。如果使用参数immediate. = TRUE，则capture.output()可以检索警告消息。

baz = function() warning("baz", immediate. = TRUE)
res = capture.output(baz(), type = "message")
print(res)
## [1] "Warning in baz() : baz"

编辑

或者，@user2554330指出，您可以使用options(warn = 1)在全局范围内立即打印警告。

oldopt = getOption("warn")
options(warn = 1)
res = capture.output(foo(), type = "message")
print(res)
## [1] "Warning in foo() : foo"
options(warn = oldopt)

编辑2

为了完整起见，我认为使用withCallingHandlers指出这种替代方法是有帮助的，它不需要对选项进行任何更改，并且可能是一种更干净的解决方案，具体取决于应用程序。考虑以下嵌套警告示例：

foo = function() {
warning("foo")
bar()
}
bar = function() { 
warning("bar")
baz()
}
baz = function() {
warning("baz")
TRUE
}
# create a container to hold warning messages
logs = vector("character")
# function to capture warning messages
log_fun = function(w) logs <<- append(logs, w$message)
# function call with message capturing
withCallingHandlers(foo(), warning = log_fun)
## [1] TRUE
## Warning messages:
## 1: In foo() : foo
## 2: In bar() : bar
## 3: In baz() : baz
print(logs)
## [1] "foo" "bar" "baz"

请注意，withCallingHandlers允许您为不同的信号条件指定不同的行为，例如warnings和messages可以存储在单独的变量中。