根据文件名将文件移动到R中的子目录

Question

所以我想根据文件名称中的某个部分将文件复制到特定的文件夹中。为了您的概述，我把我的文件夹结构放在下面。在文件夹D0和D1中，我有多个文件(例如，我将两个文件的名称放在这里(以及文件夹Weather和Temperature。我想把.txt文件移到文件夹Weather或Temperature中，这取决于文件名中是Weather还是Temperature(看看我想要什么(。

现状：

main Directory
|
|___ Experiment
├── D0
├── temperature
│  └── Weather
|__ Weather 100.txt
|__ Temperature 100.txt
└── D1
├── temperature
└── weather
|__ Weather 100.txt
|__ Temperature 100.txt

我想要什么：

main Directory
|
|___ Experiment
├── D1
├── Weather
|__Weather 100.txt
└── Temperature
|__ Temperature 100.txt

我尝试分步骤进行，所以首先使用D0来移动Weather，然后使用D0进一步移动Temperature文件、D1 Weather，最后是D1 Temperature。

然而，问题是双重的。第一个障碍是，尽管我通过Weather获得了一个文件列表，但一旦我想将其复制到新目录，我就会收到一个错误，说它无法复制文件，因为没有这样的文件或目录。我的代码出了什么问题？第二个问题是，如果我想这样做，代码的效率就不那么高了，因为我必须运行代码四次(如果有两个以上的映射(D3、D4等(，甚至更多。有没有办法让代码更高效，这样它就可以一次完成所有操作？

Answer 1

这里有一个函数，它首先获取./Experiment中的目录，然后对每个目录应用函数fun，将找到的文件移动到共享部分名称的子目录中。

fun <- function(path){
files <- list.files(path = path)
files <- file.path(path, files)
info <- file.info(files)
dirs <- files[info$isdir]
fls <- files[!info$isdir]
out <- lapply(dirs, function(d){
i <- grep(basename(d), fls, ignore.case = TRUE)
if(length(i)){
to <- file.path(d, basename(fls[i]))
tryCatch(
file.rename(fls[i], to = to),
error = function(e) e
)
} else NULL
})
out
}
setwd('~/tmp/Experiment')
d <- list.dirs(recursive = FALSE)
sapply(d, fun)

Answer 2

以下函数检查文件名是否对应于目标目录(to(，如果不对应：

• 创建新的目标目录
• 将文件移动到目录

函数由lapply为每个目的地调用：

library(stringr)
#Get all files
path <- 'C:/temp/experiment'
files <- list.files(path= path, recursive = TRUE)
move.file <- function(filename,to = 'Brightfield') {
fromdir <- dirname(filename)
rootdir <- dirname(fromdir)
filebase <- basename(filename)
# File not in right directory
if (str_detect(filebase, regex(to, ignore_case = TRUE))&
!str_detect(fromdir, regex(to, ignore_case = TRUE))) {
dir.create(file.path(rootdir,to),showWarnings = F)
file.rename(from = file.path(path,filename),
to = file.path(path,rootdir,to,filebase))
} else {F}
}
lapply(files, move.file, to='Brightfield')
lapply(files, move.file, to='FITC')