访问配置文件中的复杂密钥

Question

我试图在执行管道期间访问nextflow.config文件中的变量。我想在run.nf中提供image_standard作为字符串，并且我想接收eu.gcr.io/proj_name/image1:latest作为输出。我找到了在nextflow脚本中获取.config文件内容的方法，但我不知道如何访问这个特定的属性。

这是我的nextflow.config文件：

process {
withLabel: image_standard {
container = "eu.gcr.io/proj_name/image1:latest"
}
withLabel: image_deluxe {
container = "eu.gcr.io/proj_name/image2:latest"
}
}

run.nf

x =  workflow.configFiles[0]
Properties properties = new Properties()
File propertiesFile = new File("${x}")
propertiesFile.withInputStream {
properties.load(it)
}
log.info "${properties.process}"

只打印行：

{

Answer 1

您可以尝试使用ProcessConfig类和applyConfigSelector((方法来破坏配置文件并选择您想要的进程：

import nextflow.config.ConfigParser
import nextflow.script.ProcessConfig
def config_file = file("${baseDir}/nextflow.config")
def config = new ConfigParser().setIgnoreIncludes(true).parse(config_file.text)
def process = new ProcessConfig([:])
process.applyConfigSelector(config.process, 'withLabel:', 'image_standard')
println(process.container)