计算xyz文件中不同分子的数量

Question

我对python非常陌生。我有一个xyz文件，里面有我系统中所有原子的坐标。我的系统由这些原子组成的几个不同的分子组成。我需要计算这个系统中不同分子的数量，例如，分子A的总数，分子B的总数，等等。我已经包含了文件的快照。橙色、黄色和蓝色是不同的分子——类似于橙色部分(PBIIII分子(，我也有一些是PBIII。如何计算xyz文件中每种类型的不同分子？在此处输入图像描述

Answer 1

import csv
elements = []
with open("compound.xyz", 'r') as csvfile:
csvreader = csv.reader(csvfile)
for i, row in enumerate(csvreader):
if i > 1:
elements.append(row[0].split()[0])
elementnames = set(elements)
counts = []
for elementname in elementnames:
counts.append(elements.count(elementname))
zipped = list(zip(elementnames, counts))
print(zipped)