Preinstall conda envs Snakemake



在尝试运行snakemake时,我总是要安装/下载conda-envs。

(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh
Building DAG of jobs...
Creating conda environment ../envs/svg_env.yaml...
Downloading and installing remote packages.

有没有预安装的方法?我注意到conda-envs安装在.snakemake/文件夹中。

根据文档,运行此操作将创建envs:

snakemake --use-conda --conda-create-envs-only

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Conda部署也适用于离线或气隙环境。运行snakemake --use-conda --conda-create-envs-only将只安装所需的conda环境,而不运行完整的工作流。--use-conda的后续运行将利用本地环境,而无需访问互联网。

@SultanOrazbayev预安装的答案是正确的,但基于每次运行都要重新安装的问题,我还想注意的是,默认情况下,snakemake会将其.snakemake目录放在工作目录中。如果您利用它多次运行工作流,可能会导致环境重新安装。为了防止出现这种情况,可以设置singularity-prefixconda-prefix选项。

同样值得注意的是,虽然它被称为conda-create-envs-only,但如果使用use-singularity运行,它也会设置奇异图像。

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