在尝试运行snakemake时,我总是要安装/下载conda-envs。
(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh
Building DAG of jobs...
Creating conda environment ../envs/svg_env.yaml...
Downloading and installing remote packages.
有没有预安装的方法?我注意到conda-envs安装在.snakemake/
文件夹中。
根据文档,运行此操作将创建envs:
snakemake --use-conda --conda-create-envs-only
相关报价:
Conda部署也适用于离线或气隙环境。运行
snakemake --use-conda --conda-create-envs-only
将只安装所需的conda环境,而不运行完整的工作流。--use-conda
的后续运行将利用本地环境,而无需访问互联网。
@SultanOrazbayev预安装的答案是正确的,但基于每次运行都要重新安装的问题,我还想注意的是,默认情况下,snakemake会将其.snakemake
目录放在工作目录中。如果您利用它多次运行工作流,可能会导致环境重新安装。为了防止出现这种情况,可以设置singularity-prefix
和conda-prefix
选项。
同样值得注意的是,虽然它被称为conda-create-envs-only
,但如果使用use-singularity
运行,它也会设置奇异图像。