如何使用混淆矩阵导入网络?

Question

我有一个混淆矩阵(我认为)，它看起来像这样:

我想让这个网络在细胞景观上，这样我就可以运行一些建模，但我不确定如何。

任何想法?

Answer 1

aMatReader应用程序能够执行这样的导入，只需安装它然后进入Apps > aMatReader > Import Matrix Files

Answer 2

就我对Cytoscape的有限知识而言，没有直接的方法将混淆矩阵导入Cytoscape。也许有些应用程序确实支持它。

最直接的方法是将矩阵转换为合适的格式，例如使用以下脚本。
然后，您就可以直接在Cytoscape中导入生成的CSV，甚至可以将其拖放到网络面板中。

#!/usr/bin/python
import sys
DELIMITER = ","
NO_INTERACTION_VALUE = "0"
if len(sys.argv) != 2:
print("Please use as follow sh ./matrix-to-list.py <file-to-convert>")
sys.exit(1)
to_convert_name = sys.argv[1]
result_name = ".".join(to_convert_name.split(".")[:-1]) + "-converted.csv"
output = []
with open(to_convert_name, "r") as to_convert:
rows = [[value.strip() for value in row.split(DELIMITER)] for row in to_convert.readlines()]
ids = rows[0][1:]
for i in range(len(rows) - 1):
row = rows[i + 1]
target = row[0]
for j in range(i + 1):
value = row[j + 1]
if value != NO_INTERACTION_VALUE:
output.append(ids[j] + DELIMITER + target)
with open(result_name, "w") as result_file:
result_file.write("idA,idBn")
result_file.write("n".join(output))