如何查看R脚本中正在使用的包以及当前未使用的包?

Question

我继承了一些代码，我认为有空间进行整理，其中包括整理包游戏。

特别地，我希望看到加载的包的用途，以及(最重要的)是否有任何加载但未使用的包。

代码很长，包很多，所以我肯定更喜欢自动化这个过程。

作为一个小例子，如果我有:

packageload <- c("ggplot2", "readxl")
lapply(packageload, library, character.only = TRUE)
ggplot(diamonds, aes(x = cut)) +
geom_bar()

我想要一些输出告诉我ggplot()是从ggplot2中使用的(因此被用作包)，并且readxl目前未在项目代码中使用。

Answer 1

我一直在寻找一个明确的答案，最后，在@eh21指出的有用功能的基础上，我建立了这个小方法，它符合3行代码的意图，并且可以被任何人(我的意思是像我这样没有经验的程序)在他们的情况下毫不费力地复制。

原则是在包被加载之后，在实际的项目代码之前使用这种方法(即不需要为了获得所需的信息而运行它)，如下所示:

# Load packages ----
packageload <- c("ggplot2", "readxl")
lapply(packageload, library, character.only = TRUE)

# Find which packages do used functions belong to ----
used.functions <- NCmisc::list.functions.in.file(filename = "thisfile.R", alphabetic = FALSE) |> print()

# Find which loaded packages are not used ----
used.packages <- used.functions |> names() |> grep(pattern = "packages:", value = TRUE) |> gsub(pattern = "package:", replacement = "") |> print()
unused.packages <- packageload[!(packageload %in% used.packages)] |> print()

# Actual project code (no need to be run) ----
ggplot(diamonds, aes(x = cut)) +
geom_bar()

相关输出为:

> used.packages
[1] "base"    "ggplot2"
> used.functions
$`character(0)`
[1] "list.functions.in.file"
$`package:base`
[1] "c"      "lapply" "print"  "names"  "grep"   "gsub"   
$`package:ggplot2`
[1] "ggplot"   "aes"      "geom_bar"
> unused.packages
[1] "readxl"

指出:

• 这需要install.packages("NCmisc")，但是我没有加载该包(并使用::代替)的一致性，因为它不应该出现在used.packages;
• 如果使用RStudio并希望将其应用于多个脚本，在NCmisc::list.functions.in.file中使用rstudioapi::getSourceEditorContext()$path而不是"thisfile.R"将会很方便。
• 上面的方法适用于在命名对象上使用lapply()加载包的情况。如果不使用命名对象来加载包(例如使用一系列library()或require())，# Load packages ----以上代码的一部分可以修改如下:

# Load packages ----
packageload <- search()
library(ggplot2)
library(readxl)
packageload <- search()[!(search() %in% packageload)] |> grep(pattern = "package:", value = TRUE) |> gsub(pattern = "package:", replacement = "")