管理系统(Cromwell vs Nextflow)更适合优化作业执行时间?



两种管理系统(Cromwell vs Nextflow)哪一种更适合优化作业执行时间?

Google Kubernetes(GKE)用于调度和监控作业。

根据我的理解,可以将两者结合起来,但是没有关于哪一个更有效的信息。

这里是克伦威尔开发商。Cromwell没有Kubernetes后端。在GCP上,它使用一种称为云生命科学API的抽象,它可以旋转自己的计算节点。如果在Kubernetes上运行作业是一个硬性要求,那么最好使用不同的产品。

Denisa!

我不太精通克伦威尔,所以我可能会错过它提供的一两个功能,但在Nextflow方面,我可以清楚地看到一些与工作执行时间相关的事情,这不是工作流引擎的标准,但Nextflow为您提供了😉

  1. 隐式并行化:即使你不知道并行化是什么,并且你在管道中运行的一组软件没有利用它,Nextflow将隐式和自动地尝试帮助你。例如,如果您的管道中有一个步骤将应用于许多文件,则Nextflow默认情况下不会按顺序执行。对文件1执行X。结束了吗?现在对文件2执行X。结束了吗?现在…不!它不会那样做。它将同时在许多文件中运行此步骤(您可以增加或减少并行任务的数量)。

  2. Nextflow Tower使用人工智能为您推荐更好的资源配置,这意味着不仅可以更有效地使用云资源,还可以花费更少的钱🤩

当我读到你的问题时,我想到了与Nextflow的作业执行时间相关的两件事。也许还有更多🤯

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