Snakemake表示，即使代码段未被访问，列表索引也超出了范围

Question

我今天发生了一个奇怪的错误，我可以用下面的例子重现它：

files = ["A.txt", "B.txt"]

rule all:
input: "copied_joined.txt"
rule A:
input: files
output: "joined.txt"
shell: "cat {input} >> {output}"

rule B:
input:
data=rules.A.output
output: "copied_joined.txt"
shell:
"""
if [[ {input} == "joined.txt" ]]; then
echo "Running on {input}!"
cp {input.data[0]} {output}
elif {input} == "garbage_string" ]]; then
echo "Running on garbage!"
cp {input.data[1]} {output}
fi
"""

在rule B中，从未到达elif部分，但Snakemake仍然显示错误IndexError: list index out of range，因为我正在访问不存在的input.data[1]。

在我的特定用例中，我使用的是一个输入函数，它将提供一个或两个基于通配符的文件。然后，我对文件执行特定的操作，类似于上面的if/elif，这会导致Snakemake失败。删除cp {input.data[1]} {output}解决问题

为了解决我自己的问题，如果我最初要返回一个文件，我返回了同一文件的两个副本，例如：

def input_data(wildcards):
if something_true:
file_one = "ONE.txt"
return "ONE.txt", "TWO.txt"
else:
return "THREE.txt", "THREE.txt" 

我的破解解决方案有效，但我想知道是否有更棘手的解决方案？

谢谢你的帮助！！

Answer 1

我已经通过从input中移除括号[]解决了我的解决方案。新代码如下：

files = ["A.txt", "B.txt"]

rule all:
input: "copied_joined.txt"
rule A:
input: files
output: "joined.txt"
shell: "cat {input} >> {output}"

rule B:
input:
data=rules.A.output
output: "copied_joined.txt"
shell:
"""
if [[ {input} == "joined.txt" ]]; then
echo "Running on {input}!"
cp {input.data} {output}
elif {input} == "garbage_string" ]]; then
echo "Running on garbage!"
cp {input.data} {output}
fi
"""

这可能不适用于cp命令，但总体要点是相同的。

Answer 2

在python中处理列表和if else可能比在bash中更容易。例如，您可以考虑以下内容(检查语法错误等)：

rule B:
input:
data=rules.A.output
output: "copied_joined.txt"
run:
if len(input.data) == 1:
shell("cp {input.data[0]} {output}") # Or use only python code if you only need to copy files
elif len(input.data) == 2:
shell("cp {input.data[1]} {output}")
else:
sys.exit("This should not happen")

---

不相关，规则A中的此位：

shell: "cat {input} >> {output}"

请注意，snakemake在运行规则之前会删除{output}，因此您不会像查看shell命令时所期望的那样，真正将{input}附加到{output}。如果你真的需要附加，也许可以单独发布一个问题。