r语言 - RStudio 发现 Python pyenv 安装,但我无法运行 Python 进程



我正在尝试在RStudio中运行Python。我已经通过pyenv安装了Python 3.8.5,并在我的Rstudio项目文件夹中使用pyenv virtualenv(我称之为venv Rstudio(创建了一个虚拟环境。根据这里给出的说明,我认为我已经正确地向RStudio指示了要使用的Python环境:

>Sys.setenv(RETICULATE_PYTHON="/Users/my_username/.pyenv/versions/venv-Rstudio/bin/python")
> py_discover_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      [NOT FOUND]
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  1 2020, 21:50:37)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.18.5

当尝试调用Python时,我得到以下错误:

> py_config()
Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.

我怀疑这与上面看到的libpython: [NOT FOUND]有关,但我已经确保libpython安装在venv Rstudio虚拟环境中:

(venv-Rstudio) my_username@MBP15 Rstudio % pip list
Package                Version
---------------------- ---------
...
Keras                  2.4.3
Keras-Preprocessing    1.1.2
libpython              0.2
Markdown               3.2.2
multidict              4.7.6
numpy                  1.18.5
...

有什么想法我可能会错过什么以及如何解决这个问题吗?我运行的是macOS 10.15.7 Catalina,RStudio 1.3,R版本4.0.2。

发布我的问题后,这个问题出现在相关列表中,@nucholab的这个回答解决了我的问题。简而言之,使用以下命令重新安装带有pyenv的Python可以启用可共享库:

env PYTHON_CONFIGURE_OPTS="--enable-shared" pyenv install 3.8.5 

在那之后,重新创建我的虚拟环境(并记录在案,安装numpy(,在RStudio中加载Python可以按预期工作:

> py_config()
python:         /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/bin/python
libpython:      /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/lib/libpython3.8.dylib
pythonhome:     /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5:/Users/andreas/.pyenv/versions/3.8.5
version:        3.8.5 (default, Oct  2 2020, 13:54:11)  [Clang 12.0.0 (clang-1200.0.32.2)]
numpy:          /Users/my_username/.pyenv/versions/3.8.5/envs/venv-Rstudio/lib/python3.8/site-packages/numpy
numpy_version:  1.19.2
tensorflow:     [NOT FOUND]
NOTE: Python version was forced by RETICULATE_PYTHON

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