使用Docker的RShiny部署-由于找不到应用程序包而暂停执行

Question

我对RShiny、Golem和Docker比较陌生。然而，我已经用Golem框架构建了一个小的分析面板，我想使用Docker在本地部署它。

我已经成功地构建了一个映像，但似乎无法使容器正常运行。当我这样做时，容器初始化，然后停止，并出现以下错误：

> options('shiny.port'=80,shiny.host='0.0.0.0');ShinyPlatform::run_app()
Error in loadNamespace(x) : there is no package called ‘ShinyPlatform’
Calls: loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
Execution halted

如果有任何帮助的话，我用来运行的命令如下：

docker run shinytest2

我还在Rshine应用程序的项目文件夹中工作(不知道这是否有帮助(。

细节是它使用renv和golem框架，以及CRAN和本地包的混合。下面是我目前使用的dockerfile，其中大部分是使用golem::add_dockerfile()自动生成的。我修改过的只有以下几行：

RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'

RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'

上面的第一个是解决我遇到的一个错误，因为LocalPackage1被放在另一个文件夹中而找不到。第二行更多的是我尝试的一次尝试，看看我是否可以做同样的事情来解决当前的错误，到目前为止还没有这样的运气，所以我很确定这是错误的。

这是整个docker文件：

FROM rocker/r-ver:4.1.1
RUN apt-get update && apt-get install -y  git-core libcairo2-dev libcurl4-openssl-dev libgit2-dev libicu-dev libssl-dev libxml2-dev make pandoc pandoc-citeproc zlib1g-dev && rm -rf /var/lib/apt/lists/*
RUN echo "options(repos = c(CRAN = 'https://cran.rstudio.com/'), download.file.method = 'libcurl', Ncpus = 4)" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN R -e 'install.packages("remotes")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("magrittr",upgrade="never", version = "2.0.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("glue",upgrade="never", version = "1.4.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("processx",upgrade="never", version = "3.5.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("testthat",upgrade="never", version = "3.1.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("htmltools",upgrade="never", version = "0.5.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("attempt",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shiny",upgrade="never", version = "1.7.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("config",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("spelling",upgrade="never", version = "2.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("thinkr",upgrade="never", version = "0.15")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shinyWidgets",upgrade="never", version = "0.6.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("shinydashboard",upgrade="never", version = "0.7.2")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("renv",upgrade="never", version = "0.14.0")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("readxl",upgrade="never", version = "1.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("gt",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("golem",upgrade="never", version = "0.3.1")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("DT",upgrade="never", version = "0.19")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("DBI",upgrade="never", version = "1.1.1")'
RUN Rscript -e 'remotes::install_version("data.table",upgrade="never", version = "1.14.0")'
RUN echo "options(repos = c(CRAN = 'https://cran.rstudio.com/'), download.file.method = 'libcurl', Ncpus = 4)" >> /usr/local/lib/R/etc/Rprofile.site
RUN mkdir /build_zone
ADD . /build_zone
WORKDIR /build_zone
RUN rm -rf /build_zone
EXPOSE 80
CMD R -e "options('shiny.port'=80,shiny.host='0.0.0.0');ShinyPlatform::run_app()"

想知道是否有人知道为什么我的容器停了下来，似乎找不到里面闪亮的应用程序？

如前所述，我对RShiny、Golem和Docker都很陌生，所以如果我遗漏了任何关键信息，请告诉我，我可以更新这篇文章。

Answer 1

以下是我对发生的事情的猜测：

在应用程序的工作目录中启动的R进程将使用项目本地库(由renv提供(；

在其他工作目录中启动的R进程将使用默认的用户/站点库(取决于R的配置方式(

在Dockerfile中，首先安装所有软件包，然后将WORKDIR设置到应用程序的目录中。这可能意味着这些包都安装在用户/站点库中，而这些库通常对renv项目不可见。

一般来说，如果您使用的是renv，那么拥有以下内容就足够了：

WORKDIR /path/to/project
RUN R -e 'renv::restore()'
RUN R -e <code>

其中<code>是运行应用程序所需的R代码。(酌情在Dockerfile中包含ADD和COPY语句。(

文档位于https://rstudio.github.io/renv/articles/docker.html可能也会有所帮助。

Answer 2

您的软件包是否成功安装在Docker镜像中？RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")的日志中的输出是什么？

代码中的这个错误通常意味着包含应用程序的程序包没有正确安装——问题是install.packages在失败时不会抛出正确的退出代码，因此即使打包的应用程序未能安装，Docker映像仍会编译。

RUN R -e 'install.packages("renv/local/LocalPackage1_0.1.0.tar.gz", repos= NULL, type = "source")'
RUN R -e 'install.packages("renv/local/ShinyPlatform_0.0.0.9000.tar.gz", repos = NULL, type = "source")'

成功吗？

这些文件在哪里复制到Docker构建？你应该在Dockerfile的某个地方放一个看起来像的东西

ADD renv ./renv

使这些tar.gz可用于构建上下文。

Colin