在自己的 R 包中使用 R 包'survival'中的'predict.coxph'



我想在我自己的R包中使用R包survival

我的问题是函数predict.coxph不是由survival导出的,这就是为什么我不能使用survival::predict.coxphDESCRIPTION文件中列出Imports:下的生存。

现在我尝试在Depends:下列出survival,只使用predict(fittedmodel)(以及不使用survival::coxphSurv(。但我使用R CMD check --as-cran得到以下NOTEs

  1. "*正在检查R代码中的依赖项。。。注释Dependens字段中的包未从导入:"生存"这些包需要从(NAMESPACE文件中(导入用于加载但未附加此命名空间的情况">
  2. "Surv"没有可见的全局函数定义;等等
  3. "未定义的全局函数或变量:Surv coxph survefit">

关于1(:我在NAMESPACE文件中有import(survival)

这里会有什么问题?

根据编写R包手册

使用foo:::f而不是foo::f可以访问未导出的对象。通常不建议这样做,因为包作者可能会在日常维护中更改未导出对象的语义。

现在就有了。要访问未导出的函数,只需使用:::而不是::来调用它们,但要注意的是,这些函数没有可用的文档,因此当有问题的包的新版本发布时,它们的使用可能会发生变化。

关于依赖关系问题,只需将survival添加到DESCRIPTIONImports部分即可。

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