我知道也有类似的问题，但我在谷歌上花了一整天的时间，却找不到问题的答案。我有一个GMT文件，其中我需要用基因符号替换集合ID，以运行基因集分析，我有一份数据帧，列出了集合ID及其匹配的基因符号。我可以为一列运行此代码，它可以工作：
GMTdf$V3 <- Gene_list$hgnc_symbol[match(GMTdf$V3, Gene_list$ensembl_gene_id)]
但我不知道如何循环使用GMT文件的495列。我试了很多东西，但都不管用。唯一看起来有希望的是下面的代码，但它用NA取代了所有内容。
GMTdf[,3:495] = Gene_list$hgnc_symbol[GMTdf[,3:495], Gene_list$ensembl_gene_id)]
我尝试过使用dplyr突变和StackOverflow中给出的用基因符号替换ensembl ID的建议，但我太业余了，无法理解。请帮忙。
您可以使用lapply为多个列应用一个函数。
cols <- 3:495
GMTdf[cols] <- lapply(GMTdf[cols] function(x)
Gene_list$hgnc_symbol[match(x, Gene_list$ensembl_gene_id)])
在dplyr中，您可以对across执行同样的操作。
GMTdf <- GMTdf %>% mutate(across(cols,
~Gene_list$hgnc_symbol[match(., Gene_list$ensembl_gene_id)]))