如何使nextflow使用特定节点的tmp目录

Question

我必须并行运行多个nextflow管道，但是，这样做会阻塞tmp/目录。显而易见的原因是，虽然有30个不同的节点可用于大型tmp/目录，但nextflow只使用第一个节点，它填充得很快，所以"；没有足够的空间"；错误被抛出。

我尝试的是从一个特定的计算节点运行每个nextflow管道，但如何使其仅使用该特定节点的tmp/？

Answer 1

scratch指令将允许您在执行节点本地的临时文件夹中执行一个或多个进程。如果临时目录是由$TMPDIR环境变量定义的，则可以使用：

process myprocess {
scratch true
"""
<your script here>
"""
}

如果您的暂存目录是由其他变量定义的，请确保它用单引号括起来：

process myprocess {
scratch '$TEMP_DIR'
"""
<your script here>
"""
}