我正在研究移植术后(CABG(的通畅性
在冠状动脉搭桥术中,一名患者通常会接受一次以上的移植物(搭桥(,我们正在观察失败的时间。这在原始数据中由一个变量表示,该变量指示失败移植物的数量和诊断时间。
我的原始数据目前是每个患者一行,我认为我需要为每个移植物一行,以便继续进行KM和Cox分析。我正在考虑各种if/then循环,但不知道是否有更有效的方法在这里重新编码。
示例数据:
Patient VeinGrafts VeinsOccluded Months
1 2 0 36
2 4 1 34
3 3 2 38
4 4 0 33
为了观察这一点;每静脉";我需要重新编码,使每个#VeinGraft都有自己的行,并且VeinsOccluded变成1/0
我需要每行复制(静脉移植物(次数,这样患者2将有4行,但其中一行有静脉闭塞指示器,另3行没有
这就是我下一步分析所需要的上述数据。
Patient VeinGrafts VeinsOccluded Months
1 2 0 36
1 2 0 36
2 4 1 34
2 4 0 34
2 4 0 34
2 4 0 34
3 3 1 38
3 3 1 38
3 3 0 38
4 4 0 33
4 4 0 33
4 4 0 33
4 4 0 33
这个社区在这一点上提供了难以置信的帮助,但我还没有找到类似的问题的答案——如果我忽略了,我很抱歉,但非常感谢你的任何想法!
我们可以uncount
来展开数据,然后按"Patient"分组,mutate
通过在"VeinsOccluded"的first
值上创建一个具有row_number()
的逻辑表达式来对"VeninsOccluded"进行分组,并使用+
强制为二进制
library(dplyr)
library(tidyr)
df1 %>%
uncount(VeinGrafts, .remove = FALSE) %>%
group_by(Patient) %>%
mutate(VeinsOccluded = +(row_number() <= first(VeinsOccluded))) %>%
ungroup %>%
select(names(df1))
-输出
# A tibble: 13 x 4
# Patient VeinGrafts VeinsOccluded Months
# <int> <int> <int> <int>
# 1 1 2 0 36
# 2 1 2 0 36
# 3 2 4 1 34
# 4 2 4 0 34
# 5 2 4 0 34
# 6 2 4 0 34
# 7 3 3 1 38
# 8 3 3 1 38
# 9 3 3 0 38
#10 4 4 0 33
#11 4 4 0 33
#12 4 4 0 33
#13 4 4 0 33
或者这可以用data.table
(可能以更有效的方式(来完成
library(data.table)
setDT(df1)[rep(seq_len(.N), VeinGrafts)][,
VeinsOccluded := +(seq_len(.N) <= first(VeinsOccluded)), Patient][]
-输出
# Patient VeinGrafts VeinsOccluded Months
# 1: 1 2 0 36
# 2: 1 2 0 36
# 3: 2 4 1 34
# 4: 2 4 0 34
# 5: 2 4 0 34
# 6: 2 4 0 34
# 7: 3 3 1 38
# 8: 3 3 1 38
# 9: 3 3 0 38
#10: 4 4 0 33
#11: 4 4 0 33
#12: 4 4 0 33
#13: 4 4 0 33
数据
df1 <- structure(list(Patient = 1:4, VeinGrafts = c(2L, 4L, 3L, 4L),
VeinsOccluded = c(0L, 1L, 2L, 0L), Months = c(36L, 34L, 38L,
33L)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))