r-计算多个光栅层中每个像素的分位数问题0.05

Question

我想计算多层中每个像素的分位数

library(raster)
r <- raster(ncols=36, nrows=18)
r[] <- 1:ncell(r)
s <- stack(r, r*2, sqrt(r))
s[10:20] <- NA
beginCluster()
clusterR(s, calc, args=list(fun = quantile, na.rm= TRUE, prob = c(0.05, 0.5, 0.95)))
endCluster()

我希望有三层，但它会产生默认的问题(请参阅stats:quantile(((

我还尝试用特定的参数生成函数分位数，作为

function(x){quantile(x, probs = c(0.05, 0.5, 0.95)}

但是得到了以下错误

Error in is.infinite(v) : default method not implemented for type 'list'

Answer 1

我四处玩耍，没有意识到它就像这个一样简单

library(raster)
r <- raster(ncols=36, nrows=18)
r[] <- 1:ncell(r)
s <- stack(r, r*2, sqrt(r))
s[10:20] <- NA
q95 <- function(x){
if(is.na(x)){
NA
}else{
stats::quantile(x, .95)
}
}
beginCluster()
clusterR(r, calc, args=list(fun = q95), verbose=TRUE)
endCluster()

然后我为prob = 0.05重复了一遍

Answer 2

terra包有一个用于SpatRaster的quantile方法。

library(terra)
rr <- rast(ncols=36, nrows=18)
values(rr) <- 1:ncell(rr)
ss <- c(rr, rr*2, sqrt(rr))
ss[10:20] <- NA
q <- quantile(ss, c(0.05, 0.5, 0.95))
q
#class       : SpatRaster 
#dimensions  : 18, 36, 3  (nrow, ncol, nlyr)
#resolution  : 10, 10  (x, y)
#extent      : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#coord. ref. : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source      : memory 
#names       :      q0.05,       q0.5,      q0.95 
#min values  :        1.0,        1.0,        1.9 
#max values  :   87.71026,  648.00000, 1231.20000 

这应该比raster更快；但是像这个一样使用raster也可以得到同样的结果

library(raster)
r <- raster(ncols=36, nrows=18)
values(r) <- 1:ncell(r)
s <- stack(r, r*2, sqrt(r))
s[10:20] <- NA
# improved version of your function
qfun <- function(x){
if(is.na(x)){
c(NA, NA, NA)
}else{
quantile(x, c(0.05, 0.5, .95))
}
}
z <- calc(s, qfun)

但我会这样做：

qf <- function(x){
quantile(x, c(0.05, 0.5, .95), na.rm=TRUE)
}
z <- calc(s, qf)
z
#class      : RasterBrick 
#dimensions : 18, 36, 648, 3  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
#resolution : 10, 10  (x, y)
#extent     : -180, 180, -90, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
#crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs 
#source     : memory
#names      :        X5.,       X50.,       X95. 
#min values :        1.0,        1.0,        1.9 
#max values :   87.71026,  648.00000, 1231.20000 

你可以用terra::app使用同样的函数。

zz <- app(ss, qf)