如何从slurm加载anaconda虚拟环境

Question

我在安装了slurm的VM上设置了anaconda，如下所示。

base                     /root/anaconda3
upload                *  /root/anaconda3/envs/upload

slurm中的文件是：

#SBATCH -J vs_slurm_upload
#SBATCH -o ./out/%j_log.out
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --array=0-14
FILES=(../workdir/*)
pwd
conda info --envs
source activate upload

然而，与我设置的Anaconda设置不同，没有上传虚拟环境。

结果如下：

base                     /root/anaconda3

为了在slum中设置虚拟环境，我需要设置docker而不是在我的VM中设置它吗？

我还不太懂脏话。

谢谢你的回复。

Answer 1

区别可能是因为没有在登录模式下运行SLURM脚本(即作为用户(，因此没有加载用户特定的~/.condarc。尝试将脚本修改为以下内容：

#!/bin/bash -l
#SBATCH -J vs_slurm_upload
#SBATCH -o ./out/%j_log.out
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --array=0-14
FILES=(../workdir/*)
pwd
conda info --envs
conda activate upload

请注意，我还将source activate更改为conda activate——自Conda v4.4以来，以前的语法已被弃用。