如何安装fenic的dolfin模块?

Question

所以我试图从这里的说明安装fenic。我做了

pip3 install fenics-ffc --upgrade

在我的虚拟环境，它的工作，但当我试图导入dolfin我得到一个ModuleNotFound错误。我不知道如何安装dolfin。我做了

pip install pybind11

安装pybind11，然后复制dolfin安装的代码到我的cmd

FENICS_VERSION=$(python3 -c"import ffc; print(ffc.__version__)")
git clone --branch=$FENICS_VERSION https://bitbucket.org/fenics-project/dolfin
git clone --branch=$FENICS_VERSION https://bitbucket.org/fenics-project/mshr
mkdir dolfin/build && cd dolfin/build && cmake .. && make install && cd ../..
mkdir mshr/build   && cd mshr/build   && cmake .. && make install && cd ../..
cd dolfin/python && pip3 install . && cd ../..
cd mshr/python   && pip3 install . && cd ../..

，但它只是吐出许多错误，如:

FENICS_VERSION=$(python3 -c"import ffc;打印(ffc。)")'FENICS_VERSION'不能被识别为内部或外部命令、可操作程序或批处理文件。

git clone——branch=$FENICS_VERSION https://bitbucket.org/fenics-project/dolfin克隆到'dolfin'…

fatal: Remote branch $FENICS_VERSION在upstream origin中找不到

git clone——branch=$FENICS_VERSION https://bitbucket.org/fenics-project/mshr克隆到'mshr'…

fatal: Remote branch $FENICS_VERSION在upstream origin中找不到

之后也有很多错误。我不应该粘贴dolfin代码到cmd?我不太了解这些东西，所以不确定如何获得dolfin模块。我以前只使用pip来获取我的包，但这对dolfin不起作用，因为它似乎不在PyPI上。

Answer 1

你有吗?文件上说你需要它。它还说要安装pybind11而不是pip install pybind11

对于构建DOLFIN和mshr的可选Python接口，自2018.1.0版本起需要pybind11。安装:

wget -nc --quiet https://github.com/pybind/pybind11/archive/v${PYBIND11_VERSION}.tar.gz
tar -xf v${PYBIND11_VERSION}.tar.gz && cd pybind11-${PYBIND11_VERSION}
mkdir build && cd build && cmake -DPYBIND11_TEST=off .. && make install

你的操作系统是什么?

Answer 2

所以这里是如何使用conda (miniconda)安装fenics 2019.1:

安装Conda:

首先进入https://docs.conda.io/projects/conda/en/latest/user-guide/install/linux.html

，并按照安装说明操作。

创建conda环境:

1. 打开终端，输入:

conda create -n fenics

2. 要激活创建的环境"fenics"，输入:

conda activate fenics

如果你想在每次打开新终端时自动激活fenics环境，那么打开你的。bashrc文件(应该在/home/username/.bashrc下)，并添加"source activate fenics"在";>>>"Conda初始化>>>块。

安装fenics:

输入所有这些命令:

1. conda install -c conda-forge h5py=*=*mpich*
conda install -c conda-forge fenics pip install meshio安装matplotlib
2. pip install——upgrade gmsh
conda install -c conda-forge paraview

第二个命令将花费一些时间。我添加了一些不错的程序，如gmsh和paraview，这将帮助您创建网格和查看您的解决方案。