使用r中的索引提取数据框值

Question

我有100多个文件，每个文件都有起始和结束坐标。基于起始和结束坐标，我想从所有数据集中提取区域并存储在文件中。我已经使用了以下方法，但它没有给我预期的输出。startco具有1st、2nd、3rd文件的起始索引，endco具有1st、2nd、3rd文件的结束索引。如果索引超出了文件的范围索引要输入NA

Example:
startco<-c(3,4,1)
endco<-c(5,6,2)
ctc<-c(1,2,3)
for (hm0 in 1:length(ctc)) {
for (hm1 in 1:length(startco)) {
for (hm2 in 1:length(endco)) {

methd1<-read.table( paste0("path/to folder/","file_",ctc[hm0],".txt"))
methd2<- methd1[,startco[hm1]:endco[hm2]]

}
}
}
File_1.txt
V1   V2   V3   V4   V5
41   42    43   45    46
0.31 0.21 0.87 0.65 0.54    
0.32 0.28 0.74 0.87 0.65 
0.19 0.12 0.99 0.99 0.89 
File_2.txt
V1   V2   V3   V4   V5
12    24   13    14   16
0.89 0.78 0.50 0.22 0.34
0.54 0.78 0.50 0.34 0.41
0.78 0.54 0.66 0.26 0.14
File_3.txt
V1   V2   V3   V4   V5
1    2     3    5    6
0.20 0.40 0.50 0.49 0.52 

Expected output :
43   45    46
0.87 0.65 0.54
0.74 0.87 0.65 
0.99 0.99 0.89 
0.22 0.34 NA
0.34 0.41 NA
0.99 0.89 NA
1 2
0.20 0.40

Answer 1

在Base R中可以这样做:

fun <- function(path, start, end){
id <- basename(path)
dat <- read.table(path, header = TRUE)
p <- ncol(dat)
n <- nrow(dat)
neg <- if(start<0) -start else 0 
add <- matrix(nrow = n, ncol = neg)
if (start < 1) start <- 1
if (end > p) end <- p
d <- cbind(add, dat[, start:end])
names(d) <- paste0('X', seq(ncol(d)))
cbind(id,r = seq(nrow(d)),  d)
}
startco<-c(3,4,-2) # TAKES NEGATIVE INDICES
endco<-c(5,6,2)
ctc<-c(1,2,3)
files <- file.path('path/to/folder', ctc)
A <- Map(fun, files, startco, endco)
Reduce(function(x, y)merge(x,y, all =TRUE), A)[, -(1:2)]
X1    X2    X3  X4
1  43.00 45.00 46.00  NA
2   0.87  0.65  0.54  NA
3   0.74  0.87  0.65  NA
4   0.99  0.99  0.89  NA
5  14.00 16.00    NA  NA
6   0.22  0.34    NA  NA
7   0.34  0.41    NA  NA
8   0.26  0.14    NA  NA
9     NA    NA  1.00 2.0
10    NA    NA  0.20 0.4

无阴性

startco<-c(3,4,1)
B <- Map(fun, files, startco, endco)
Reduce(function(x, y)merge(x,y, all =TRUE), B)[, -(1:2)]
X1    X2    X3
1  43.00 45.00 46.00
2   0.87  0.65  0.54
3   0.74  0.87  0.65
4   0.99  0.99  0.89
5  14.00 16.00    NA
6   0.22  0.34    NA
7   0.34  0.41    NA
8   0.26  0.14    NA
9   1.00  2.00    NA
10  0.20  0.40    NA

Answer 2

我会使用readfun，

readfun <- (i, s, e) {
stopifnot(s != 0)
r <- read.table(paste0("foo1/", "file_", i, ".txt"), header=TRUE)
if (e > ncol(r)) {  ## inserts cols to the right if e > ncol
e1 <- e - ncol(r)
nm <- paste0('V', as.numeric(substring(colnames(r), 2)[ncol(r)]) + seq_len(e1))
m <- matrix(NA_real_, nrow(r), e1, dimnames=list(NULL, nm))
r <- cbind(r, m)
}
if (s < 0) {  ## inserts cols to the left if s < 0
m <- matrix(NA_real_, nrow(r), -s)
r <- cbind(m, r)
e <- e + -s
s <- 1
}
out <- r[, s:e]
unname(as.matrix(out))
}

inMap.

ctc <- c(1, 2, 3); startco <- c(3, 4, -2); endco <- c(5, 6, 2)
Map(readfun, ctc, startco, endco)
# [[1]]
#       [,1]  [,2]  [,3]
# [1,] 43.00 45.00 46.00
# [2,]  0.87  0.65  0.54
# [3,]  0.74  0.87  0.65
# [4,]  0.99  0.99  0.89
# 
# [[2]]
#       [,1]  [,2] [,3]
# [1,] 14.00 16.00   NA
# [2,]  0.22  0.34   NA
# [3,]  0.34  0.41   NA
# [4,]  0.26  0.14   NA
# 
# [[3]]
#      [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,]   NA   NA  1.0  2.0
# [2,]   NA   NA  0.2  0.4

---

数据:

dir.create('foo1')
write.table(read.table(header=TRUE, text='
V1   V2   V3   V4   V5
41   42    43   45    46
0.31 0.21 0.87 0.65 0.54    
0.32 0.28 0.74 0.87 0.65 
0.19 0.12 0.99 0.99 0.89'), './foo1/file_1.txt', row.names=F)
write.table(read.table(header=TRUE, text='
V1   V2   V3   V4   V5
12    24   13    14   16
0.89 0.78 0.50 0.22 0.34
0.54 0.78 0.50 0.34 0.41
0.78 0.54 0.66 0.26 0.14'), './foo1/file_2.txt', row.names=F)
write.table(read.table(header=TRUE, text='
V1   V2   V3   V4   V5
1    2     3    5    6
0.20 0.40 0.50 0.49 0.52 '), './foo1/file_3.txt', row.names=F)