将文件名全局化，然后保存到一个变量

Question

我在一个标准格式的目录中有一些文件，我希望使用一个带有部分文件名的txt文件来通过*扩展它们，然后最后添加一个。gz标签作为输出

例如，一个名为1.SNV.111-T的文件。在我的目录vcf，我有111-T在我的txt文件。

#!/bin/bash
while getopts f: flag
do
case "${flag}" in
f) file=${OPTARG};;
esac
done
while IFS="" read -r p || [ -n "$p" ]
do
vcf="*${p}.vcf"
bgzip -c ${vcf} > ${vcf}.gz
done < $file

这将成功运行bgzip，但实际上保存输出为:

"* 111 - t.vcf.gz">

所以在末尾添加。gz会有"deactivated"*字符，正如Barmar指出的，这是因为在我的目录中没有一个名为1.SNV.111-T.vcf.gz的文件，所以通配符是不激活的，请有人帮助吗?

我是bash脚本的新手，但我认为必须有一些方法来保存"绝对";我的VCF变量的值，以便一旦它第一次找到匹配，它现在是一个可以在下游使用的字符串?我在网上找不到任何东西。

Answer 1

问题是通配符只有在匹配现有文件时才会展开。你不能在文件名中使用通配符。

您需要将扩展后的文件名放入vcf变量中。你可以这样做:

vcf=$(echo *"$p.vcf")
bgzip -c "$vcf" > "$vcf.gz"