使用S4类SeqExpressionSet的对象用ggplot2绘制PCA

Question

我用EDASeq制作了一个S4类SeqExpressionSet的对象，然后我可以用plotPCA进行分析。

然而，plotPCA功能缺乏充分调整美学的能力。因此，我想知道是否有可能以某种方式更改数据集，以便将其与例如ggplot2或其他能够进行更多调整的包一起使用。

Answer 1

我不熟悉EDAseq，但我的最佳猜测是，您必须手动进行PCA并绘制这些结果。假设您的对象名为my_object，并且源代码发布在这里，您可以按照如下方式重建过程：

dat <- normCounts(my_object)
dat <- apply(dat, 1, function(y) scale(y, center = TRUE, scale = FALSE))
s <- svd(dat)
df <- data.frame(
PC1 = s$u[, 1], PC2 = s$u[, 2]
)
ggplot(df, aes(PC1, PC2)) +
geom_point()

请注意，我还没有测试过这段代码，因为我没有示例数据，也懒得安装EDAseq。