r-Slurm作业数组错误:slumstepd:错误:execve():Rscript:没有这样的文件或目录

Question

我正在尝试在HPC上使用Slurm作业调度程序来获得一个非常基本的作业数组脚本。我得到错误：

slurmstepd: error: execve(): Rscript: No such file or directory

这与此类似，但我没有使用任何export命令，所以这不是原因。一些消息来源说，这可能与在Windows中创建这些脚本有关，所以行的结尾对Unix不起作用。这可能是问题所在吗？如果是，我该如何检查？

我的shell脚本：

#!/bin/bash
# Example of running R script with a job array
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-10                    # how many tasks in the array
#SBATCH --ntasks-per-node=10
#SBATCH -o hello-%j-%a.txt
#SBATCH --mail-user=[e-mail]
# Load software
module load R/4.0.0-foss-2020a
# Run R script with a command line argument
srun Rscript hello.R $SLURM_ARRAY_TASK_ID

脚本-hello.R是：

#!/usr/bin/env 
# Rscript
# accept command line arguments and save them in a list called args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
# print task number
print(paste0('Hello! I am a task number: ', args[1]))

Answer 1

多亏了一些离线帮助，我的问题得到了答案。似乎我不需要在shell脚本中使用srun，而是需要在hello中的shebang行中包含Rscript。R

外壳脚本是：

#!/bin/bash
# Example of running R script with a job array
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --array=1-10                    # how many tasks in the array
#SBATCH --ntasks-per-node=10
#SBATCH -o hello-%j-%a.txt
#SBATCH --mail-user=[e-mail]
# Load software
module load R/4.0.0-foss-2020a
# Run R script with a command line argument
Rscript hello.R $SLURM_ARRAY_TASK_ID

你好。R现在是：

#!/usr/bin/env/Rscript
# accept command line arguments and save them in a list called args
args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
# print task number
print(paste0('Hello! I am a task number: ', args[1]))