我正在调查鱼类群落在一年中各个季节的丰度与水的环境参数之间的关系。所以，我的两个矩阵都有四行(冬季、秋季、春季和夏季(，在我的物种矩阵上，列是我的物种和它们每个季节的平均丰度值；在我的环境数据矩阵中，列是水的参数(pH、盐度、温度、氧气和电导率(，值是每个季节的平均值(照片如下(。
当我绘制我的CCA结果时，它只绘制了3个变量(共5个(。。。有人知道为什么以及如何解决它吗？
这是我使用的代码。
speE <- read.csv(choose.files(), row.names=1, sep=";")
envE <- read.csv(choose.files(), row.names=1, sep=";")
log.speE <-log(speE+1)
log.envE <-log(envE+1)
library(vegan)
cca1 <- cca(log.speE ~ ., data = log.envE)
plot(cca1, type="n")
text(cca1, dis="cn", col="dodgerblue3", cex=1.2)
text(cca1, col="chocolate2", bg="chocolate2", cex=1.1)
text(cca1, "species", col="black", cex=0.9)
summary(cca1)
cca1
anova(cca1, by = "axis")
****PHOTO EXAMPLES OF MY PROBLEMS****
[Environmental matrix by season] [1]: https://i.stack.imgur.com/zj0YR.png
[Species matrix by season] [2]: https://i.stack.imgur.com/unnZ0.png
[CCA that gone wrong missing environmental variables] [3]: https://i.stack.imgur.com/yu0yh.jpg
我想你被告知"一些约束是混叠的，因为它们是共线的(冗余的("；？如果您没有看到该信息，请再次查看(它就在那里(。例如，如果你有冬天、秋天、春天和夏天，你只有三个自变量：如果不是冬天、秋天或春天，它必须是夏天。所以夏天会被别名化。函数alias(<myordination>)将告诉您这种混叠是如何完成的。