我有这样命名的文件:
MG-AB-110_S101_R2_001.fastq.gz, MG-AB-109_S100_R1_001.fastq.gz...
我正在尝试提取第一个下划线之前的所有内容,以便获得:MG-AB-110,MG-AB-109…
我试着这样做:
name="MG-AB-110_S101_R2_001.fastq.gz"
base_name=${name%%.*}
echo $base_name
MG-AB-110_S101_R2_001
这个:
base_name=${name%%(.*?)_.* }
echo $base_name
MG-AB-110_S101_R2_001.fastq.gz
我需要这些基本名称来匹配另一个文件夹中的基本名称,所以上面的regex将是这个循环的一部分:
#!/bin/bash
for name in test1/*.gz; do
base_name=${name%%.*}
if [ -f "test2/$base_name" ]; then
cat "$name" "test2/$base_name" >"all_combined/$base_name"
else
printf 'No file in test2 corresponds to "%s"n' "$name" >&2
fi
done
使用bash及其参数扩展:
name="MG-AB-110_S101_R2_001.fastq.gz"
echo "${name%%_*}"
输出:
MG-AB-110