在我的分类群tax_table中，我有一些有趣的分类群，我想进一步研究。我想使用OTU编号或分类名称来找出哪些样本存在这种分类群。我可以只使用与tax_table中的分类群相对应的OTU#，然后进入otu_table来找到样本，但正如大家所知，这很乏味，也很难做到。有什么想法吗？感谢
我通常这样做：制作一个你感兴趣的名称/属的向量，然后将它们子集作为一个单独的对象，这样可以更容易地维护概述。
temptax <- as.data.frame(tax_table(physeq)) #get your taxa
mytax <- rbind(temptax[temptax$Genus == "g_Fusarium", ], #pick whichever ones you're looking for
temptax[temptax$Genus == "g_Symmetrospora", ], #works with rownames, too.
temptax[temptax$Genus == "g__Ramularia", ])
mytax <- rownames(mytax); mytax #we only need the rownames to make up the vector
cooltaxa <- subset_taxa(physeq, rownames(tax_table(physeq)) %in% mytax) #subset based on this vector
cooltaxa #now gives you a phyloseq object with all the information for your chosen taxa
希望这是有用的。