我想将.h5/.hic文件转换为.csv/.json格式。我发现了这个https://pypi.org/project/h5json/以及他们的GitHub页面https://github.com/HDFGroup/hdf5-json从h5转换为json。我成功地安装了它,但在那之后我就无法继续前进了。我也考虑过其他的选择,但似乎都不起作用。
可能的解决方案是pandas
,请参阅官方指南。
这里有一个例子:
import pandas as pd
df = pd.DataFrame({"x": list(range(5)), "y": list(range(5))})
df.to_hdf("tab.h5", "table")
pd.read_hdf("tab.h5", "table").to_json("tab.json")
在我的环境中https://pypi.org/project/tables/正确安装PyTables