如何在Julia中从一个大矩阵中随机取一个矩阵子集

Question

我有一个大矩阵(28960×45807 Array{Float64,2})，其中行表示个体，列表示snpID。现在我想得到一个子集矩阵(28960x4580)， snps是从大矩阵中随机选择的。我怎么用Julia做呢?

Answer 1

假设你的矩阵是x:

using StatsBase
@view x[:, sample(1:size(x,2), 4580, replace=false, ordered=true)]

Exaplanation:

• 使用@view可以避免数据复制。可以在此命令中跳过它，但这会使性能恶化
• 冒号:选择所有行的数据，数组切片的第二个参数用于选择一堆列
• size(x,2)返回列数
• 我们使用StatsBase中的sample对列号进行采样而不进行替换。此外，我假设您不想更改列
的顺序。