Bcftools 1.16能够添加F_MISSING标签吗?

Question

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我尝试使用bcftools 1.16添加F_MISSING标签。当我运行这个命令时:bcftools +fill-tags input.vcf.gz -- -t 'F_MISSING' | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o output.vcf.gz

我得到以下错误:Error parsing "--tags F_MISSING": the tag "F_MISSING" is not supported

使用bcftools 1.15时该命令运行良好。然而，版本1.15给我在蛇形文件中使用的其他包带来了复杂性。您是否知道如何使用bcftls 1.16添加F_MISSING的替代方案?

我在一个新创建的conda环境中使用conda install -c bioconda bcftools安装了bcftools1.16，如https://anaconda.org/bioconda/bcftools

所示当我输入bcftools +fill-tags --version:

时bcftools 1.9 using htslib 1.9

plugin at 1.9使用htslib 1.9

解决方案# # # #

实际上问题是我没有安装最新版本的Conda。我通过将.condarc文件更改为而仅仅更改为来解决这个问题。包括以下几行:

channels:
- conda-forge
- bioconda
- defaults

顺序也很重要。

Answer 1

我在这里只给出部分答案:

然而，版本1.15给我在我的蛇形文件中使用的其他包带来了复杂性。

你可以为需要bcftools 1.15的规则使用一个专用的conda环境来解决这个问题。例如:

rule fill_tags:
input:
...
output:
...
conda:
"envs/bcftools-1.15.yaml"
shell:
r"""
bcftools +fill-tags {input.vcf} -- -t 'F_MISSING' 
| bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o {output.vcf}
"""

其中envs/bcftools-1.15.yaml包含如下内容:

dependencies:
- bcftools=1.15

然后运行snakemake with flag--use-conda