如何用BSB过滤出一个半球的Allen Brain Atlas数据?

Question

我想重建一个单一的(即左)半球，这样它需要更少的资源来绘制，更少的时间来编译和最终模拟。我已经配置了一个AllenStructureLoader，并在我的PlacemenStrategy中使用它。我能告诉PlacementStrategy只在两个半球中的一个放置细胞吗?在连通性中也会使用这样的过滤器吗?

Answer 1

AllenStructureLoader加载整个Allen结构，如果它们属于具有相同ID的结构，则没有过滤可用。

现在你最好的选择是子类化AllenStructureLoader并覆盖它的get_voxelset方法。我不确定Allen Brain Atlas是否提供半球元数据来做这样的过滤，但大脑是相当对称的，所以你可能只是过滤掉了整个区域的一半宽度:

class HemisphereLoader(AllenStructureLoader):
def get_voxelset(self):
vs = super().get_voxelset()
# Take out the voxels of `vs` that you're interested in
return vs

或者你可以使用AllenStructureLoader或Allen SDK在脚本中加载两个半球，将其导出到NRRD，使用你喜欢的工具过滤NRRD，保存该文件，并使用NrrdLoader加载你的预处理NRRD文件:

"partitions": {
"hemi": {
"type": "nrrd",
"source": "my_file.nrrd"
}
}