我正在尝试复制这个教程:http://www.mdtutorials.com/gmx/lysozyme/04_ions.html但使用不同的蛋白质。
在加入离子的步骤中(以离子为单位)。tpr文件生成)我得到"没有这样的分子型SOL"。当我在分子型部分添加SOL时，我得到'分子型'蛋白质'没有原子'。
任何帮助都是感激的!
我正在提供topol的相关部分。前文件。
[atomtypes]名称bond_type质量电荷ptype sigma epsilon Amb…
[moleculetype]名字; nrexcl蛋白质 3
[atoms]……
[system]水中蛋白质
[分子];复合nmol蛋白1
SOL 53832
关于SOL错误-这似乎是您的工具。顶部没有水拓扑文件。在工具栏的任何地方添加线条。从分子型切片上除去SOL。# include"oplsaa.ff/spce.itp"
关于蛋白质错误-检查您的*。Gro文件包含1个蛋白质分子和53832个水分子。我怀疑你的*。Gro file不含蛋白质分子，只充满水。确保白藜芦醇中的分子数。顶部应该与*相同。gro文件。