singularity / ubuntu:如何使用主机认证代理

Question

从ubuntu 18.04(或更新版本)创建的奇点映像有一个运行脚本，其中包括git使用ssh克隆一些存储库。

理想情况下，我希望这样:当映像被执行时，主机的(已经激活的)ssh密钥用于(git ssh克隆)身份验证。

可以这样运行:

ssh-add ~/.ssh/my_key # and possibly typing password
./myimage.sif

这可能吗?

Answer 1

简短回答:yes

• SINGULARITY_BIND=$SSH_AUTH_SOCK ./myimage.sif
• singularity run -B $SSH_AUTH_SOCK myimage.sif

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长答案:是的，只要正确的目录和环境变量传递给映像。

你需要:

1. git/ssh安装在奇点镜像中(可能在也可能不在默认的docker镜像中)
2. 您的$HOME目录已挂载。这是默认设置，但可能需要手动执行(-H /home/my_user)，具体取决于配置
导出
3. ssh-agent环境变量SSH_AUTH_SOCK。默认情况下，将主机环境传递到容器中，但可以使用-e | --cleanenv禁用此功能
   • 参见:docs on environment variables
4. 在$SSH_AUTH_SOCK中设置的挂载路径。这就是为什么我们使用SINGULARITY_BIND或-B $SSH_AUTH_SOCK
   • 参见:docs关于绑定路径和挂载

一个简单的方法来测试你的密钥是否被正确访问:

$ singularity exec -B $SSH_AUTH_SOCK myimage.sif ssh -T [e-mail]
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