来自 Perl sub 的非字符参数错误,但在 R 中工作



我有一个简单的R脚本,效果很好:

library(gplots)
A <- c("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog")
B <- c("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat")
png('tmp.png')
venn(list(A=A,B=B))

并且我尝试编写一个 perl 子例程,该子例程将使用 Statistics::R 包在 R 中执行上述操作:

#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings FATAL => 'all';
use feature 'say';
use autodie ':all';
use Carp 'confess';
use Statistics::R;
my @t1 = ("dog", "cat", "monkey", "fish", "cow", "frog");
my @t2 = ("cat", "frog", "aardvark", "monkey", "cow", "lizard", "bison", "goat");
my %data = (
A => [@t1],
B => [@t2]
);
sub venn {
my ($args) = @_;
unless (defined $args->{output_filestem}) {
confess "venn diagram needs an output filename" 
}
if (scalar keys %{ $args->{data} } < 2) {
printf("There are %u keys in data.n", scalar keys %{ $args->{data} });
confess 'There must be >= 2 keys in data.';
}
my $R = Statistics::R->new();
foreach my $key (keys %{ $args->{data} }) {
$R -> set("$key", $args->{data}{key});
}
say __LINE__;
if (defined $args->{output_type}) {
$R -> run(`$args->{output_type}('$args->{output_stem}.$args->{output_type}')`);
} else { # output EPS file is default
$args->{output_type} = 'eps';
$R -> run(
q`setEPS()`,
qq`postscript('$args->{output_filestem}.eps')`,
);
}
my @venn;
foreach my $key (sort keys %{ $args->{data} }) {
push @venn, "$key=$key"
}
my $venn_cmd = 'venn(list(' . join (', ', @venn) . '))';
say $venn_cmd;
$R -> run(q`library(gplots)`);
$R -> run(qq`$venn_cmd`);
say "wrote $args->{output_filename}";
return $args->{output_filename}
}
venn({
data => %data,
output_filestem => 'venn'
});

但是运行这个Perl脚本会产生一个错误:

venn(list(A=A, B=B))
Error:
strsplit(names(map), character(0), fixed = TRUE) : 
non-character argument
Calls: venn -> vennMembers -> do.call -> strsplit
Execution halted
Command exited with non-zero status 29

类似的东西在 R 字符串拆分函数 (strsplit) 中的非字符参数中,但我不明白如何将那里的内容应用于我的情况。

也许这是统计::R中的一些错误?Perl 子的输入应该与 R 脚本相同。

我不知道是什么原因造成的,因为我使用的 R 命令与工作 R 脚本相同。

为什么 Perl 子会失败,即使它与 R 脚本完全相同?

缺少符号:

$R -> set("$key", $args->{data}{key});

应该是

$R -> set("$key", $args->{data}{$key});
#                               ^

否则,A 和 B 将填充undef从而导致错误。

顺便说一句,"$key"$key相同.无需对变量进行双引号。

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