我用R包建立了一个Cox比例危险模型"rms"；我想把数据分解成训练集和测试集，但我是生存分析的新手，在文献中找不到任何东西，除了rms：：calibrate。我不能让它工作。
这是代码：
# using the package 'survival', I make a survival object with
# follow-up time (2000 to 2020) and status (event=1, survival/censoring 0)
surv2 <- Surv(grid3@data$def_mean, grid3@data$status)
d <- datadist(grid3@data) # stores distribution summaries for potential variables??
options(datadist = "d") # seems to help cph() refer to variables
model <- cph(surv2 ~ cost_mean + elev_mean + popn_mean + cop99 + PAs_mean,
data = grid3@data, x = TRUE, y = TRUE, surv = TRUE, time.inc=1)
modrms <- rms::calibrate(model, B = 40, u = 1)
"time.inc"是时间增量(1年(-看看模型$surve.summary，我可以看到生存和"否"。20年中每年的风险数字。所以这是有道理的。但是调用rms：：calible我得到的第一条消息是Using Cox survival estimates at 1 Days。。。看看我得到的校准：
> summary(attr(modrms,"predicted"))
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
1 1 1 1 1 1
所以看起来模型已经校准了一天？当然，每个人都活了下来(1=100%(。。。使用CCD_ 2也会发生同样的事情。
我再次尝试从开始
units(grid3@data$def_mean) <- "year"
surv3 <- Surv(grid3@data$def_mean, grid3@data$status)
但这给了我一个错误！
Error in Ops.units(time, origin) :
both operands of the expression should be "units" objects
我不知道下一步该做什么。如果我能用2000-10年的数据建立一个模型，用它来预测2010-20年，并查看预测值与实际值，那不是很好吗？但我一直在校准，文件中假设了比我更多的统计专业知识(大学统计数据加上提高数学水平的努力(。
以下是数据结构(不确定如何使其可复制(：
> str(grid3@data)
'data.frame': 36918 obs. of 7 variables:
$ def_mean : num 20 20 20 20 20 20 20 20 20 20 ...
$ status : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ elev_mean : num -0.664 -0.664 -0.664 -0.664 -0.664 ...
$ popn_mean : num -0.1658 0.0664 -0.1484 0.0601 -0.0381 ...
$ cost_mean : num 1.53 1.48 1.43 1.66 1.6 ...
$ PAs_mean : num 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
$ cop99 : Factor w/ 12 levels "10","20","30",..: 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 ...
> summary(grid3@data$def_mean)
Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
3.20 20.00 20.00 19.59 20.00 20.00
> table(grid3@data$status)
0 1
34696 2222
rms包在某些方面可能具有陡峭的学习曲线。您已经了解了一件有时会遗漏的事情：使用datadist()来汇总预测因子，然后设置datadist选项(使用datadist对象的字符名(，以便汇总函数具有合理的默认显示选项的重要性。
关于第二个错误，我想知道您是否在更改时间单位后没有重新运行datadist()命令并重置datadist选项。与rms相关的Hmisc包中的units()和label()函数可能非常有用，但如果您在使用它们后不重新运行和重置datadist()，我怀疑软件下游会感到困惑。如果你在一个地方指定了一个单位，它可能会在另一个地方期望相同的单位。
然而，这些命令不进行任何转换。默认的假设是时间单位是"0"；天；所以这就是输出中默认打印的内容。如果您将"；单位；至"；年；打印输出将显示"；年；而不是"；"天"；但基本计算不会改变。
因此，尽管CCD_；1天"；事实并非如此；这只是它默认的打印单位。它仍然在time = 1进行校准。在这么早的时候进行校准可能不是你想要的。
我隐约记得，如果原始cph()调用中的time.inc设置与calibrate()调用中的u设置不匹配，我会遇到一些问题。我通常的做法是知道我想要校准的时间点(例如，某些类型癌症数据的3年生存率(，并将其用于这两种设置。玩一点玩具数据集，看看如何让它为你工作。
最后，rms::calibrate(model, B = 40, u = 20)0最好与plot()一起用于显示校准曲线(理想的、建模的、通过bootstrap校正的乐观度(。如果尝试print()calibrate对象，可能会出现故障。标准绘图上显示的值是正确的。