我有一个自定义参考基因组，基因。Fa和18床锉。我想生成一个床文件，它包含一个感兴趣的区域，5100-5600 bp，作为一个单独的条目，我可以使用床工具在我的18个床文件上进行相交。
我正在考虑从参考基因组复制/粘贴感兴趣的序列区域，并将其对齐以生成我的床文件。问题是我的参考基因组是一个三聚体，所以这个序列重复三次，在比对中会有错误。
有更好的方法吗?你会使用床上工具与文本文件相交吗?
我是生物信息学和测序的新手，所以我可能对这个问题想得太多了。
BED文件是文本文件，因此如果您只有少量感兴趣的区域，并且您知道它们的坐标，则可以使用文本编辑器编写该文件。参见BED文件规范。
如果你只有ROI的序列，你可以通过将其与基因组对齐来获得坐标，例如通过BLAST。如果序列在基因组中多次出现，它应该不会导致错误，但是您需要知道哪一种排列符合您真正的ROI，或者将它们全部作为单独的条目包含在BED文件中。