r-如何从GEO数据库中提取单细胞RNA测序数据

Question

我是R和计算生物学的新手。我正试图查阅一个已发表的数据集，为我自己的项目检查基因表达。我很难从GEO NCBI数据库中找到教我如何分析R上的单细胞RNA测序数据的材料。

这是我试图访问的数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE138651

如果有教程的指导或建议，我将不胜感激。

谢谢！

Answer 1

您可能需要查看BioConductorGEOquery包。

使用安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")

有关如何使用此软件包和从GEO读取数据的更多信息，请参阅渐晕