在r中用MSA软件包建立单倍型网络图

Question

我正在试用msa包，并希望创建一个单倍型网络图。当我运行这个命令

hap <- haplotype(firstconvert)
hap  

我收到这个警告信息：

Warning messages:
1: In haplotype.DNAbin(firstconvert) :
some sequences of different lengths were assigned to the same 
haplotype 
2: In haplotype.DNAbin(firstconvert) :
some sequences were not assigned to the same haplotype because 
of ambiguities 

这就是为什么我的单倍型图看起来如此拥挤和混乱。如何使图形看起来更干净？我试着摆弄scale.ratio和突变勾号，以创造一个更好看的情节，但运气不佳。

plot(net,size=attr(net,"freq"),scale.ratio=4
,show.mutation=1,fast=T) 

单倍型网络图

Answer 1

使用msa函数首先对齐序列可能会有所帮助。例如：

FirstMSA<-msa(inputSeqs=firstconvert，method=c("CrustalW"(，cluster="default"，gapOpening="；默认"；，gapExtension＝"；默认"；，type＝"；默认"；，order=c("aligned"(，verbose=FALSE，help=FALSE(

此外，在你的绘图中建立一个阈值也可能有帮助，这样不太常见的单倍型就不会显示在你的图中(所以只有常见的单倍型(。例如：

图(firstconvert，threshold=c(5,20((#5单倍型是显示的最小单倍型，20是最大