我正在尝试使用conda安装Bioconductor包liftOver。我正在使用.yml文件创建一个conda环境，如下所示：conda env create -f coo_environment.yml
当我这样做时，我得到：
Collecting package metadata: done
Solving environment: failed
ResolvePackageNotFound:
- bioconductor-liftover
coo_environment.yml的相关内容如下所示
name: coo
channels:
- conda-forge
- bioconda
dependencies:
# R
- bioconductor-exomeCopy
- bioconductor-rtracklayer
- bioconductor-liftOver
Bioconductor有一个liftOver工作流，但Bioconda不打包任何Bioconducter工作流。这样的工作流不应该引入新功能，而是演示如何在生态系统中使用一组工具。它们可以包括额外的数据以方便演示。
在这种情况下，liftOver重新实现是作为rtracklayer包的一部分提供的，因此bioconductor-rtracklayer足以提供该功能。
您可以使用访问R中的功能
rtracklayer::liftOver
liftOver工作流还包括一些示例.chain文件。UCSC是这些内容的规范来源，可以在网站的下载部分找到。在我们研究小组的实践中，像这样的参考文件保存在一个集中的位置，所以我会从那里加载。
如果你想以编程方式下载hg38到hg19文件，我不知道有任何专门的功能，但其他答案包括下载和解压缩R中的文件(例如，在这里或这里(。
pyliftover是UCSCliftOver基因组坐标转换的python实现。因此，将yml中的最后一行更改为pyliftover。或者，您也可以使用ucsc-liftover。