我有一系列来自NIS Elements AR的.nd2
文件,与尼康显微镜有关。在元素中,AR自定义用户定义的元数据可以添加到图像/图像系列中,并以.nd2
格式保存。当这些文件被保存,然后在元素AR中重新打开时,自定义元数据都会正确显示
存在一系列python.nd2
导入程序,例如nd2
、nd2reader
和pims_nd2
。然而,尽管这些包可以提取大部分.nd2
元数据,但我无法访问用户定义的自定义元数据。也许我在这些包中缺少了访问用户定义元数据的功能(nd2
中的.custom_data
选项不起作用(
有人有从尼康.nd2
文件或类似的专有显微镜软件中提取这种类型的自定义元数据的经验吗?
我正在处理同样的问题。一种解决方法是使用ImageJ宏打开元数据并将其保存为txt文件,然后使用python等语言提取数据。
编辑:
此代码有效:
import nd2
f = nd2.ND2File('nd2_image_path') # load image
all_metadata = f.unstructured_metadata() # Load all metadata as a dict
x_pos = all_metadata['ImageMetadataSeqLV|0']['SLxPictureMetadata']['XPos'] # Find x coordinate
y_pos = all_metadata['ImageMetadataSeqLV|0']['SLxPictureMetadata']['YPos'] # Find y coordinate